学位论文最严重的问题就是侵犯他人的著作权，一般而言就是指抄袭和剽窃，即将他人的研究成果全部或部分当作自己的作品发表的行为。一切学术论文，包括各种学位论文，必须是作者（个人和团队）独立进行研究的成果，强调原创性已经成为学界共识。当然，在著作权审判实践中，抄袭是一种较难认定的行为，因此在确认抄袭行为时，往往需要与形式上相类似的行为进行甄别。首先，合理利用著作权作品的思想、意念和观点，在法律上是允许的。比如论文作者利用另一部作品中所反映的某些主旨、题材、看法、观念等进行全新的创作，不能认定是抄袭；其次，无意而为的巧合，在法律上也是受保护的。著作权保护的是独创作品，而非首创作品。对于有一定相似性的两部作品，如果创作时间在后的那部作品的作者系完全独立创作的，不能认定是抄袭；再次，论文作者利用另一部作品的历史背景、客观事实、统计数字等，则应视具体情况而定。各国著作权法对作品所表达的历史背景、客观事实、统计数字等本身并不予以保护，任何人均可以自由利用。但是，完全照搬他人描述历史背景、客观事实、统计数字等内容的全部或部分文字，即使经过了一定程度的改写，仍有可能被认定为抄袭。合理使用是作者利用他人作品的法律上的依据，通常由各国著作权法自行规定其范围。凡超出合理使用范围的，则构成事实上的侵权，与是否抄袭无关。研判抄袭与否及其严重性，一是看被告对原作的更改程度；二是看原作与被告作品的特点相似度；三是看被告作品的具体性质；四是看被告作品中所体现的创作技巧和作品本身的价值；五是看被告者的意图。对于抄袭行为应该如何认定，中华人民共和国国家版权局版权管理司早在年就作出了相关规定。
目前，国内高等院校为防范学术不端行为的产生，大多已引进了中国学术期刊（光盘版）电子杂志社（CAJPH）与清华同方知网技术有限公司（TTKN）合作的“文献检测系统”，并根据自己的实际情况制定了学位论文抄袭的界定和评判标准。而TMLC（学位论文学术不端行为检测系统）、PMLC（大学生论文抄袭检测系统）等，也已为许多高等院校相继采用，用于检测大学本科毕业论文和研究生（硕士、博士）学位论文的原创性和真实性。