年，世界卫生组织(WHO)对益生菌的定义做了详细的界定，即当以充足的量被服用时，对服用者的健康带来好处的活性微生物。目前，益生菌在临床的应用已不仅仅局限于其说明书适应证中推荐的腹泻、便秘、消化不良等，但由于临床试验数据有限，针对益生菌更广泛的应用仍需要更多大型的临床试验研究证实。
1.幽门螺杆菌感染
幽门螺杆菌己经被确认与慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌的发生密切相关，多种抗生素联合治疗仍是抗幽门螺杆菌感染的主要方法。为应对幽门螺杆菌耐药性的出现，以及长期应用抗菌药可能引起的不良反应，目前国内已有外多篇文献探讨了益生菌在幽门螺杆菌根除率及减少药物不良反应中的优势——研究发现，益生菌不仅可以提高消化道内其他有益菌的数量和活性，也可以抑制幽门螺杆菌在胃黏膜上皮的定植和生长，抑制感染后的炎症和免疫反应。
2.炎症性肠病
炎症性肠病(IBD)是一种多发生于结肠和直肠、易复发、忽重忽轻的慢性炎症性疾病，主要包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)。IBD与宿主的肠道微生态菌群发生紊乱密切相关，因此肠道微生态成为理想而且不良反应很小的治疗靶点——临床试验研究表明，益生菌在治疗UC方面具有一定的疗效。
3.肠易激综合征
肠易激综合征(IBS)是以腹痛、腹胀、排便习惯改变为临床表现而缺乏胃肠道结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病。IBS患者存在肠菌群失调，表现为双歧杆菌、乳酸杆菌减少，大肠杆菌、肠球菌明显增加，其发病与肠菌群紊乱和结肠发酵异常相关——有研究表明，益生菌能调节免疫功能和肠动力，改善肠内环境，有效改善IBS的临床症状。
4.肝病防治
肝病患者普遍存在肠道菌群失调并伴有不同程度的肠源性内毒素血症。益生菌制剂能够使肠内菌群恢复正常、维护肠黏膜屏障的完整性，吸收利用肠道内含氮有害物质从而减少肠源性内毒素来源和细菌易位，抑制产胺的腐败菌生长，降低肝硬化患者肠道内酸度、血氨水平和血浆内毒素水平，因而对急慢性肝炎、肝硬化等疾病的并发症均能起到很好的辅助治疗作用——临床上多有使用双歧杆菌、乳杆菌等活菌制剂治疗肝病患者消化功能紊乱的方面的报道，例如双歧杆菌能显著降低肝硬化患者血氨和血浆内毒素水平，可有效防治肝硬化患者的内毒素血症及肝性脑病。
5.抗癌抗肿瘤作用
益生菌的抗肿瘤作用主要体现在其生成的代谢产物可优化肠道菌群的组合，增强机体的免疫功能，同时抗癌益生菌能够降解亚硝胺，消除其致癌性。此外，益生菌还可促进肠道蠕动，使有害菌由人体排出——流行病学研究表明，有规律地摄取益生菌与一些癌症的低发率有相关性；另外还有研究报道补充益生菌能够降低黄曲霉毒素的生物学有效剂量，由此提供了一种饮食途径来降低肝癌的发生风险。
6、调节血脂
益生菌细胞可以直接吸收胆固醇而降低介质中胆固醇的含量乳酸菌等益生菌在生长过程中，促进胆固醇的分解代谢，从而降低胆固醇含量。此外，研究还表明乳酸菌的降血脂作用还与调控胆固醇合成限速酶3-羟基-3-甲基戊二酰CoA还原酶表达有关——益生菌调节血脂功能已经被证实。
7、降低血压
目前一般认为益生菌的降血压作用机制主要基于2个方面：①通过其胞外酶水解底物蛋白(如牛奶蛋白)产生具有抑制血管紧张素转化酶(ACE)活性抑制肽，而表现降血压作用；②益生菌的菌体成分，如乳杆菌细胞壁成分或内容物在原发性血压患者体内表现出降血压作用——大量研究已证实，补充活性益生菌具有明显的降血压功效。
8、平稳控糖
通过吃益生菌来维持肠道微生物菌群的平衡，促进新陈代谢，提高相关物质对葡萄糖的使用，减少胃肠道对葡萄糖的吸收，是糖尿病的基础预防和治疗手段——益生菌能有助于人体降低血糖浓度。
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